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    Northern Blot原理及实验方法

    原理:在变性条件下将待检的RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳,继而按照同Southern Blot相同的原理进行转膜和用探针进行杂交检测。
    用途:检测样品中是否含有基因的转录产物(mRNA)及其含量。实验方法:

    [仪器、试剂、材料]
    (一)仪器
    恒温水浴箱,电泳仪,凝胶成像系统,真空转移仪,真空泵,UV 交联仪,杂交炉,恒温摇床,脱色摇床,漩涡振荡器,分光光度计,微量移液器,电炉(或微波炉),离心管,烧杯,量筒,三角瓶,等。
    (二)材料
    RNA样品或mRNA样品,探针模板DNA(25 ng),尼龙膜
    (三)试剂
    NorthernMax KitCat. # 1940Ambion, Inc.),琼脂糖,DEPC, X光底片,底片暗盒,Random Primer dNTP Mixture111 TBq/mmol[a-32P]dCTPExo-free Klenow Fragment10 X Buffer, Sephadex G-50,SDS,双氧水, 灭菌水等。

    [方法与步骤]
    1. 用具的准备:
    180
    度烤器皿:三角锥瓶、量筒、镊子、刀片等4小时。
    电泳槽:清洗梳子和电泳槽,并用双氧水浸泡过夜,用DEPC水冲洗,干燥备用。
    处理DEPC(2 L)备用。

    2
    .用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染
    RNAZap擦洗梳子,电泳槽,刀片等,然后用DEPC水冲洗二次,去除RNAZap

    3
    .制胶:
    1
    称取0.36mg 琼脂糖加入三角锥瓶中,加入32.4mlDEPC水后,微波炉加热至琼脂糖完全熔解。60℃空气浴平衡溶液 (需加DEPC水补充蒸发的水分)
    2
    在通风厨中加入3.6ml10Denaturing Gel buffer,轻轻振荡混匀。
    注意尽量避免产生气泡。
    3
    将熔胶倒入制胶板中,插上梳子
    如果胶溶液上存在气泡,可以用热的玻璃棒或其它方法去除,或将气泡推到胶的边缘。注:胶的厚度不能超过0.5cm
    4
    .胶在室温下完全凝固后,将胶转移到电泳槽中,加入1x MOPS Gel Running buffer盖过胶面约1cm,小心拔出梳子。(配制250ml 1MOPS Gel Running buffer,在电泳过程中补充蒸发的buffer。)
    5
    .检查点样孔。

    4. RNA
    样品的制备
    RNA样品中加入3倍体积的formaldehyde load dye和适当的EB(终浓度为10ug/ml)。混匀后,65℃空气浴15min。短暂低速离心后,立即放置于冰上5min

    5.
    电泳:
    1.
    RNA样品小心加到点样孔中。
    2.
    5V/cm下跑胶(514cm)。在电泳过程中,每隔30min短暂停止电泳,取出胶,混匀两极的电泳液后继续电泳。当胶中的溴纷蓝(500bp)接近胶的边缘时终止电泳。
    3.
    紫外灯下,检验电泳情况,并用尺子测量18S28S、溴纷蓝到点样孔的距离。
    注意不要让胶在紫外灯下曝光太长时间。

    6.
    转膜
    1
    .用3%双氧水浸泡真空转移仪后,用DEPC水冲洗。
    2
    .用RNAZap擦洗多孔渗水屏和塑胶屏,用DEPC水冲洗二次。
    3
    .连接真空泵和真空转移仪,剪取一块适当大小的膜(膜的四边缘应大于塑胶屏孔口的5mm),膜在Transfer buffer浸湿5分钟后,放置在多孔渗水屏的适当位置。
    4
    .盖上塑胶屏,盖上外框,扣上锁。
    5
    .将胶的多余部分切除,切后的胶四边缘要能盖过塑胶屏孔,并至少盖过边缘约2mm,以防止漏气。
    6
    .将胶小心放置在膜的上面,膜与胶之间不能有气泡。
    7
    .打开真空泵,使压强维持在50~58mbar;立即将transfer buffer加到胶面和四周。每隔10min在胶面加上1ml transfer buffer,真空转移2小时。
    8
    .转膜后,用镊子夹住膜,于1x MOPS Gel Running buffer中轻轻泡洗10秒,去除残余的胶和盐。
    9
    .用吸水纸吸取膜上多余的液体后,将膜置于UV交联仪中自动交联。
    10
    .将胶和紫外交联后的膜,在紫外灯下检测转移效率。(避免太长的紫外曝光时间)
    12
    .将膜在-20℃保存。

    7. 探针的制备
    1
    .在1.5ml离心管中配制以下反应液:
    模板DNA(25 ng)     1ul
    Random Primer 2ul
    灭菌水 11ul
    总体积:14ul
    2
    95°C加热3分钟后,迅速放置于冰冷却5min
    3
    .在离心管中按下列顺序加入以下溶液:
    10×Buffer 2.5ul
    dNTP Mixture 2.5ul
    111 TBq/mmol[a-32P]dCTP 5 ul
    Exo-free Klenow Fragment 1 ul
    4
    .混匀后(25ul),37°C下反应30分钟。短暂离心,收集溶液到管底。
    5
    65°C加热5min使酶失活。
       
    8.
    探针的纯化及比活性测定:
    1
    .准备凝胶:将1g凝胶加入30mlDEPC水中,浸泡过夜。用DEPC水洗涤膨胀的凝胶数次,以除去可溶解的葡聚糖。换用新配制的TEPH7.6)。
    2
    .取1ml一次性注射器,去除内芯推扞,将注射器底部用硅化的玻璃纤维塞住,在注射器中装填Sephadex G-50凝胶。
    3
    .将注射器放入一支15ml

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